食品级制药硅胶软管的消毒方式是多种多样的，源于各医疗器械生产厂家不同的要求，从而需要食品级制药硅胶软管提供的证书就各不相同。

一般情况下，食品级制药硅胶软管是通过环氧乙烷灭菌消毒，但是有些医疗器械厂家只需要食品级制药硅胶软管达到FDA认证，像这样的情况下一般只是采用高温后用酒精或者生理盐水进行部分消毒，有的甚至不消毒。目前要求最高的就是需植入人体的无菌卫生级硅胶软管，此类食品级制药硅胶软管需要通过生物相容性，达到ISO 10993 USP CLASS VI标准，需通过环氧乙烷反复高温高压灭菌消毒，有的甚至会用紫外线、γ射线等微波进行照射。

食品级硅胶软管一般用本色硅胶不加任何颜色制作，适用于导气，输送药液、蒸馏水，不适合长时间输送高浓度强酸强碱和有机油类液体，如需保持长久的使用寿命，必面在额定的工作压力和环境温度下使用，随着温度上升，工作压力应相应减少，若超过限度，食品级硅胶软管可能会破裂，另外若常时间输送超过220度的流体或流体带强腐蚀性的化学成份，会导致使用寿命降低，会出现管体破裂。
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